Die romanische Michaelskirche neben der Franziskanerkirche ist die älteste erhaltene Kirche der Stadtpfarrei. Sie ist namensgebend für den Michaelsberg auf dessen Krone die Befreiungshalle thront. Der schlanke weiße Turm wird oft fälschlicherweise der viel größeren gotischen Franziskanerkirche zugeordnet, die jedoch nur einen Dachreiter als äußeres Zeichen der franziskanischen Armut hat.

Seit der umfassenden Sanierung in den 1980er und 1990er Jahren haben sich im Innern des Turmes einige Schäden gezeigt, die kurzfristig behoben werden mussten. Die Stadtpfarrkirchenstiftung hat deshalb das Bauunternehmen Listl mit den Arbeiten beauftragt. In enger Absprache mit Kirchenpfleger Bernhard Ziegler konnten die notwendigen Maßnahmen schnell umrissen und nachhaltig gelöst werden. Da die Maßnahmen als Bauunterhalt zählten, musste die Kirchenstiftung die Aufwendungen trotz denkmalrechtlicher Auflagen und Erlaubnis aus dem laufenden Haushalt bestreiten. Kirchenpfleger und Stadtpfarrer zeigten sich am Ende zufrieden, weil so größere Schäden vermieden werden konnten und mit der Michaelskirche ein wertvolles Zeitdokument Kelheimer Geschichte geschützt werden konnte.

Der Bereich rund um die Michaelskirche gehört zum ältesten Siedlungsraum Kelheims.