Wie ein Schiff, das aus der Weltenburger Enge ragt, erhebt sich die Franziskanerkirche am Fuße des Michelsberges über die Stadt Kelheim. Nachdem die Franziskaner vor der romanischen Michaelskirche ihre neue Kirche bauten, schufen sie ab 1471 ein Meisterwerk gotischer Baukunst, das im weiten Kirchenraum völlig ohne Säulen auskam, um einen möglichst großen Raum für die Menschen, die den Predigten lauschten und die Liturgie mitfeierten zu schaffen.  Zudem war der Lastabtrag nach unten über die Fundamente in den Boden neu für Bauten dieser Größe. Auch aufgrund dieser architektonischen Besonderheiten steht das Gotteshaus auf der Unesco Erwartungsliste Bayern.

Im Jahre 1506 wurde die Kirche konsekriert und dem Patrozinium des Erzengels Michaels anvertraut, das sie von der kleineren romanischen Kirche erbte. Zuerst wurden der Hauptaltar und die beiden Seitenaltäre geweiht, später folgte der barocke Portuinkulaaltar in franziskanischer Frömmigkeit. Letzterer Altar verblieb kontinierlich in der Kirche, auch über die Säkularisation hinaus. Sie mutierte zu einem Ort der Verkündigung der Frohbotschaft und der inneren Einkehr, wovon auch der sich anschließende Kreuzgang bis heute zeugt.

Mit dem Reichsdeputationshauptschluß wurde auch das Kelheimer Franziskanerkloster aufgelöst und säkularisiert, das heißt der Besitz wurde den Mönchen genommen, die in ein Zentralkloster verlegt wurden. Während die übrigen Klostergebäude mit der Brauerei schnell eine neue Nutzung fanden, fristete die Kirche ein Nischendasein und war mehr und mehr dem Verfall preisgegeben. Schließlich erwarb sie die Stadt Kelheim, konnte aber die notwendigen Gelder zur Instandsetzung nicht aufbringen. Deshalb sprang die Pfarrei ein, die die Kirche wieder renovierte und als Ausweichkirche in den Hochwasserzeiten nutzte.

1876 wurde der heutige Kreuzaltar benediziert, nachdem das gotische Hochaltarretabel nach der Säkularisation nach Hengersberg verkauft wurde, wo es heute noch zu sehen ist. Die Benediktion des neuen Hauptaltares war im Vorgriff auf die Primiz von Georg Diermeyer, der 1878 seine Primiz in der Franziskanerkirche feierte. Die letzten beiden großen Renovierungen fanden in den 1980er Jahren und ab 1992 statt